Que deviennent les enfants quand la nuit tombe

Les parents de Bertille ont acheté une vieille ferme à retaper, ce qui ne devrait pas poser de problèmes puisque son père a arrêté de travailler et est très bricoleur.
Une fois les travaux terminés, il pourra enfin ouvrir son agence de détective privé.
Aussi lorsque Bertille trouve un crâne humain enfoui dans la grange, le père et la fille partent-ils au quart de tour pour une enquête.
Parallèlement, cinquante ans plus tôt, sur une île, Anélie et Ylisse deux enfants un brin rebelles sont pris en charge par une association qui les remettra dans le droit chemin. Ainsi Anélie et Ylisse se retrouvent-ils dans une ferme près de Sponge, en France métropolitaine…